Κατά την διάρκεια του ελληνικού εμφυλίου πολέμου, με την καθοδήγηση των Αμερικανών και με βάση τη στρατηγική της κυβέρνησης της Αθήνας για την εκκένωση της υπαίθρου ώστε να χάσει ο Δημοκρατικός Στρατός κάθε δυνατότητα στήριξης για εφεδρίες ή υλικό, στον ντόπιο πληθυσμό, οργανώθηκε παράλληλα η μαζική συγκέντρωση και μεταφορά στα μεγάλα αστικά κέντρα των παιδιών από τα χωριά της Ηπείρου, της Δυτικής και Κεντρικής Μακεδονίας και της Θράκης.
Η Προσωρινή Δημοκρατική Κυβέρνηση υπολόγισε σε 150.000 τα παιδιά που εκτοπίστηκαν από τις περιοχές τους κι από τα οποία ένα μικρό μονάχα μέρος ακολούθησε τους γονείς στις πόλεις ενώ τα υπόλοιπα κλείστηκαν στα «ιδρύματα» της Φρειδερίκης που η ίδια αποκαλούσε «Παιδουπόλεις». Ο δρόμος των παιδιών του εμφυλίου διακλαδώνονταν στην φρίκη και την εκμετάλλευση.
Σύμφωνα με στοιχεία που περιέχονται στους φακέλους του Ιδρύματος της Βασιλικής Πρόνοιας και βρίσκονται στα Ιστορικά Αρχεία του Μουσείου Μπενάκη, τον Ιούλη του 1947 εγκαινιάστηκε στο Ωραιόκαστρο Θεσσαλονίκης η πρώτη «παιδούπολη», στην οποία κλείστηκαν 500 παιδιά. Στις αρχές του Σεπτέμβρη του ίδιου χρόνου εγκαινιάζονται τέσσερις νέες παιδουπόλεις σε Ιωάννινα, Λάρισα, Βόλο και Καβάλα. Το Γενάρη του 1948 σ’ ολόκληρη την Ελλάδα λειτουργούν 52 «παιδουπόλεις», στις οποίες έχουν «μαντρώσει» 18.000 παιδιά, όπου εφαρμόζεται το σύστημα της «πειθαρχημένης διαβίωσης». Σύμφωνα με το σύστημα αυτό, τα παιδιά αντιμετωπίζονται σαν στρατιώτες. Ο αριθμός αυτός των κρατούμενων-παιδιών, αυξάνεται για να φτάσει αργότερα γύρω στο 1949 στις 28.000. Ο αριθμός των παιδιών των παιδουπόλεων μέχρι το 1968 έφτασε τα 36.562.
Ο τίτλος του σχεδίου της φρίκης ήταν κομψός και αθώος: «Ειδικό Πρόγραμμα Απομάκρυνσης Παιδιών». Το εγκληματικό σχέδιο της αρπαγής των παιδιών απ’ τις αγκαλιές των μανάδων τους εφαρμόστηκε ένα μήνα πριν την ίδρυση του Οργανισμού με την επωνυμία «Βασιλική Πρόνοια Επαρχιών Βορείου Ελλάδος», που είχε τη μορφή Νομικού Προσώπου Ιδιωτικού Δικαίου. Συμπληρώθηκε, δε, με τη σύσταση Ερανικής Επιτροπής με την επωνυμία «Πρόνοια Βορείων Επαρχιών Εράνων». Αργότερα, μετονομάστηκε «Βασιλική Πρόνοια». Αυτοί οι οργανισμοί λειτουργούσαν στο πλαίσιο του «Βασιλικού Εθνικού Ιδρύματος», που ξεκίνησε τη «δράση» του στις 25 του Μάη 1947. Το 1950 και μετά τη στρατιωτική ήττα του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας, το Βασιλικό Ιδρυμα επιτρέπει την επιστροφή στα χωριά τους «15.000 τροφίμων παιδουπόλεων, για ν’ αποτελέσουν τους πυρήνας του ελληνοχριστιανικού πολιτισμού». Το ερώτημα όμως είναι τι απέγιναν τα υπόλοιπα – αφού τότε υπολογίζονταν σε 28.000.