Για «πρωτοφανή ψευδορκία» κατηγόρησε τον πρώτο μάρτυρα που καταθέτει στη δίκη του Δημήτρη Λιγνάδη που κατηγορείται για τέσσερις βιασμούς ανηλίκων και νεαρών ανδρών. Πρόκειται για τον 27χρονο σήμερα κάτοικο εξωτερικού με Αιγυπτιακή καταγωγή, ο οποίος σύμφωνα με την καταγγελία του βιάστηκε από τον κατηγορούμενο σε ηλικία 16 ετών. Μάλιστα ο Αλέξης Κούγιας κατέθεσε μήνυση σε βάρος του για ψευδή κατάθεση.